Logo
IQRA’ DAN AL-QURAN
Melambangkan ketinggian dan kepentingan membaca di jalan menuntut ilmu.
ATOM
Melambangkan ilmu Sains yang merupakan antara ilmu terpenting di dalam membina peradaban yang maju.
ALAT GEOMETRI
Melambangkan ilmu Matematik yang sudah menjadi sebahagian daripada kehidupan manusia sejak dahulu.
OBOR DAN BUKU
Melambangkan bahawa buku ialah penyuluh cahaya di dalam kehidupan bagi orang yang berilmu.
GEGELUNG OLIMPIK
Melambangkan kepentingan kebolehan bersukan dan kesihatan jasmani di samping mempunyai ilmu.
IJAZAH
Melambangkan hasil yang dimahukan dengan menghantar anak-anak muda ke Maahad Sains Tok Guru iaitu seorang ilmuwan.
LOGO BENDERA KELANTAN
Melambangkan tapak penubuhan Maahad Sains Tok Guru iaitu Negeri Kelantan, Serambi Mekah.
REBEN HIJAU
Tertulis nama sekolah di dalam Bahasa Melayu dan Bahasa Arab.
REBEN MERAH
Tertulis di tengah reben motto sekolah dan di sebelah kanan dan kiri reben tahun penubuhan sekolah di dalam Tahun Masihiah dan Tahun Hijriah.